当战争来临的时候，你该如何去抉择呢？德军总部2新巨人游戏里的故事是曼哈顿的反抗军们加入了B.J的队伍，葛蕾丝在知道伊娃之锤F区有核弹后，希望B.J再去F区给她找来核弹。那么，德军总部2新巨人第三章古老的秘密怎么玩呢？让我们拭目以待！
沿着水管进入F区，此时的F区大部分地区已经被水淹没，需要游泳过去，注意水下缺氧是会直接掉血的，不要在水下呆的时间过长。沿地图走很快会看到风扇装置，关闭后，下水穿过风扇上岸，接着上楼梯来到间有许多动力炉的房间，清掉里面的侦察机，继续前进。
这里的路基本都是直线，按地图走即可。
在通风管道尽头跳下来到电力室，打开电源后会有出现3个纳粹机甲兵提前准备好镭射枪击杀。接着从两边的口子跳下。
注意这层也有2个机甲兵但不会第一时间出现小心被阴。解决后，沿着地图上方的铁管可以进入控制室打开大门。出门后爬上扶梯，来到核弹房外。这里有2架侦察机及1个机甲兵击杀后来到2层打开核弹房门。核弹房门打开后会有3个机甲兵支援，准备好镭射枪击杀。房间能有充能装置如果电能不够充能完后再开门。
